Stéphane Alvarez crée en 1990 la Compagnie des Pygmalions devenue aujourd’hui la Compagnie du Théâtre du Pont Tournant avec qui il monte, en 15 ans, les grands auteurs du répertoire : Aristophane, Molière, Brecht, Sartre, Genet, Ionesco, Obaldia, Boyer, Miller, Beckett, Koltès, Pessoa, Saint-Exupéry (1ère version intégrale du Petit Prince) Handke, Minyana, Rouabhi, Süskind. En 1993, il vit un moment décisif dans son parcours de jeune metteur en scène lorsque Marguerite Duras lui offre le texte de "La Maladie de la Mort" dont elle refusait toute mise en scène.

Parallèlement, ses amours conjuguées de la musique et du théâtre l'amènent à créer de nombreux spectacles lyriques.